Harmoni pada irama musik dayak Kanayatn pada prinsipnya sama dengan harmoni pada musik barat yang menekankan hubungan nada-nada secara vertikal, misalnya nada do, mi, sol yang disusun secara vertikal dan dimainkan bersamaan. Konsep harmoni irama musik dayak Kanayatn terletak pada gabungan nada-nada dari permainan Dau Wenya dan Naknya, dimana gabungan dari nada-nada tersebut membentuk kesatuan bunyi yang harmonis dan enak didengar. Disamping itu harmoni dalam irama musik dayak Kanayatn juga dapat terjadi dari penggabungan beberapa nada secara horizontal, yaitu penggabungan nada-nada dari permainan Dau We’nya dan Dau Naknya. Harmoni satu atau dua nada yang digunakan instrumen Dau We’nya digabung dengan permainan satu atau dua nada pada permainan Dau Naknya, Misalnya Dau We’nya menabuh nada sol rendah dan do bila digabung dengan nada mi dan do satu oktav lebih tinggi pada Dau Naknya maka akan menghasilkan akor c, sedangkan permainan instrumen Agukng dan Gadobokng hanya berperan sebagai pendukung untuk memperkuat jalinan nada-nada permainan instrumen Dau.
Irama musik dayak Kanayatn terdiri dari beberapa nada, sehingga terbentuk interval yang berbeda dari nada yang satu dengan nada yang lainnya. Penggabungan dua nada yang dimainkan salah satu instrumen Dau akan mengahasilkan harmoni, seperti yang terlihat pada motif dibawah ini.
Penggunaan harmoni dua nada terjadi pada kedua dan ketiga birama 2 atau am. Sekonda (do-re) pada am diganti dengan kuint (sol-re) atau pada ketukan kedua dan ketiga am1 untuk memberi suasana yang berbeda pada tingkat ketegangan yang sama, sehingga musik tersebut tidak terkesan monoton.
Perbedaan motif tabuhan dari dua anak motif Jubata Masak tidak dapat dikenali secara jelas, apalagi ketika musik tersebut dimainkan dalam satu tabuhan. Perbedaan itu dapat dilihat dengan mendengarkan atau melihat pola ritme Gadobokng yang mengalami penyempitan pada birama kedua untuk menjaga agar motif tersebut jangan sampai turun dan berakhir sampai di situ. Oleh karena itu digunakan pengecilan nilai nada pada pola permainan Gadobokng, sehingga suasana yang ditampilkan dapat dipertahankan seperti penampilan suasana ketika am dimainkan, seperti tabuhan di bawah ini.
Pemakaian harmoni dua nada terjadi pula pada tabuhan yang nada-nadanya memenuhi satu ruang birama. Harmoni ini kebanyakan digunakan oleh pola tabuhan Dau Naknya, dimana pada pemakaian dua nada dirubah atau diperbesar untuk memberi kesan yang berbeda dan menghindari kesan monoton, seperti tabuhan di bawah ini.
Beberapa motif dalam musik dayak Kanayatn mempunyai kemiripan antara satu dengan lainnya. Hal ini terjadi karena wilayah nada instrumen yang sangat terbatas, yaitu sol rendah sampai re untuk Dau We’nya, dan mi sampai do 1 oktav lebih tinggi untuk Dau Naknya. Bila motif-motif tersebut dibandingkan, maka dapat ditemukan struktur pemakaian tabuhan dua nada pada motif yang satu rumpun, seperti irama musik Jubata. Perbedaan penggunaan dua nada ini pada prinsipnya sama dengan prinsip harmoni pada musik barat. Disamping itu penggunaan harmoni ini lebih jelas dapat dilihat pada bagian penutup tiap motif. Nada-nada yang dimainkan secara bersamaan menjalin rangkaian seperti akord, sehingga dapat diketahui bahwa irama musik dayak Kanayatn sesungguhnya juga mempunyai sistem harmoni seperti pada musik barat.